Cette liaison fluviale, ouverte en Allemagne en 1992, pose davantage de problèmes qu'elle n'en résout, notamment pour l'approvisionnement en eau potable. Les habitants de la vallée de l'Altmühl, en Bavière, ont dû être raccordés au réseau de distribution d'eau d'une autre vallée ! Et ce qui est arrivé pour la liaison Rhin-Main-Danube risque de se reproduire pour le canal Rhin-Rhône...
Les mesures paysagères très coûteuses n'ont pas atténué l'impact écologique du canal.
On a pu lire récemment dans la presse allemande que, depuis la mise en service du canal Rhin-Main-Danube en 1992, seule la compagnie Combined Container Service (CCS) assurait le transport fluvial de containers entre Rotterdam et Vienne. Pour ce faire, les barges remontaient le Rhin jusqu'à Mayence, puis franchissaient les 52 écluses du Main et du canal artificiel Rhin-Main-Danube, avant de rejoindre ce dernier à Regensbourg en Bavière, puis filer vers l'Autriche. Depuis décembre 1996, les bateaux en provenance de Rotterdam débarquent leurs containers à Mayence, pour un acheminement par train de nuit jusqu'à Regensbourg, où ils sont à nouveau mis à l'eau sur le Danube, jusqu'à leur destination finale. La raison ? Outre le manque de rentabilité (la hauteur libre sous les ponts ne permet que deux couches de containers sur le Main contre 4 sur le Rhin), le recours au ferroviaire assure un gain de temps de 5 jours ! La distance Rotterdam-Vienne est alors couverte en 3 jours.
Cette information confirme que le transport fluvial n'est compétitif qu'en région de plaine. Dès que le relief s'accuse, seul le rail, qui n'est pas soumis aux contraintes des écluses, constitue une réponse fiable aux nécessités de l'acheminement du fret.