Die Untere Elbe beginnt an der Staustufe Geesthacht. Hier,an der einzigen Wehranlage der Elbe auf deutschem Gebiet, wird der Fluss 4 m ü NN angestaut und damit dem Einfluß der Tide (Ebbe und Flut) eine künstliche Grenze gesetzt.

Die restliche Fliessstrecke bis zur Nordsee bei Cuxhaven/Kugelbake,die auch als Tiddelbe bezeichnet wird, beträgt 142km. Auf dem Weg dorthin teilt sich der Fluß in Hamburg in Noder-und Süderelbe. Diese beiden Elbearme umschliessen den größten Teil des Hafengebietes sowie die auf Inseln entstandenen Stadtteile Wilhelmsburg und Vedel und vereinigen sich wieder nach etwa 15km beim Kohlbrand.

Die Elbe hat ihr Ziel erreicht

 Die unterhalb der Stromspaltung beginnende auffällige Erweiterung des Flusstales auf etwa 1.500 m kurz vor der hamburgischen Landesgrenze und bis auf 18 km bei Cuxhaven beruht darauf, dass der Mündungstrichter (Äustar) der Elbe wegen des fehlenden Gefälles in Form eines Mündungsschlauches rund 100 km landein bis nach Hamburg reicht. Das heute hafentechnisch streng ausgebaute Stromspaltungsgebiet stellt ein sog. Binnendelta dar. Hier teilte sich der Fluss früher im Gezeitenstau zwischen unzähligen Inseln und Sänden vielarmig auf, um sich dann aber im breiten Mündungsschlauch wieder zu sammeln und der Nordsee zuzufliessen. Bis auf wenige Abschnitte in Hamburg, wo der Geesthang das nördliche Flussufer bildet, wird die Elbe auf beiden Seiten von weiten , fruchtbaren Marschen begleitet, die das Landschaftsbild prägen.
Der ungewöhnliche weit ins Binnenland reichende Einfluss der Tide hat im Tal der Unteren Elbe ganz besondere Lebensbedingungen entstehen lassen. Etwa alle 6 Stunden kehrt sich die Wasserströmung um. Das rhytmische Auf- und Abfliessen führt dazu, dass derselbe Wasserkörper auf seinem Weg zur See mehrmals denselben Flussabschnitt passiert und daher wesentlich langsamer vorankommt als oberhalb der Tidegrenze. Für die 110 km lange Strecke von Schnackenburg bis Geesthacht braucht er - je nach Wasserführung in der Elbe - etwa 1 bis 2,5 Tage. Für die gleiche Strecke von Geesthacht bis zur Nordsee dagegen 4 bis 70 Tage. Entsprechend lange verbleiben Gewässerverschmutzungen und wirken auf die aquatische Lebewelt ein.
Durch den Einfluss der Nordsee durch Ebbe und Flut auf das Abflussgeschehen der Elbe haben sich spezielle Lebensräume herausgebildet. Im Mündungsbereich der Elbe, etwa von Glückstadt bis Cuxhaven, mischen sich Salz- und Süsswasser; es entsteht die sogenannte Brackwasserzone. Während im direkten Mündungsbereich der Elbe Salzwasserwatten anzutreffen sind, befinden sich oberhalb von Glückstadt Süsswasserwatten, die eine grosse Seltenheit darstellen. Das grösste Süsswasserwatt Europas, das Fährmannsannder Watt, befindet sich etwa unterhalb von Wedel.
Bei Ebbe fallen regelmässig grosse Uferpartien trocken und sich dann als Wattflächen ungeschützt den Einwirkungen von Sonne, Wind und Regen ausgesetzt. Alle dort im und auf dem Grund lebenden Organismen (Benthos) müssen sich also mit den Unbilden des Wetters, d. h. mit Sonnenhitze und prasselndem Regen im Sommer oder mit Frost, Eisgang und Schneefall im Winter arrangieren. Hinzu kommen noch immense Sedimentumlagerungen bei Sturmfluten und starkem Wellengang. Die enorme dichte Besiedlung solcher weltweit sehr seltenen Süsswasserwaten zeigt aber, dass die Natur die dort lebenden Arten mit entsprechenden Fähigkeiten ausgestattet hat. Sie hat Spezialisten und Überlebenskünstler hervorgebracht, die allerdings vollständig auf diesen Lebensraum angewiesen sind. Jede Zerstörung dieser Süsswasserwatten ist deshalb gleichbedeutend mit der Vernichtung ihrer Bewohner.
Charakteristische Pflanzengesellschaften im von Gezeiten beeinflussten Süsswasserbereich sind die Tideröhrichte mit Steinsimsen, Flechtbinsen und Schilfrohr. auf den Sanden der Unterelbe hat die seltene Amerikanische Simse ihr bundesweit grösstes Vorkommen. Besonders hingewiesen werden soll auf zwei nur hier wachsende Arten, nämlich die Wibels-Schmiele und den Schierling- Wasserfenchel. Ein bemerkenswerter Neueinwanderer ist die Laugenblume. Unter dem zunehmenden Einfluss des Salzwassers werden zur Elbemündung hin die Röhrichte von prächtigen Salzwiesen und Quellefluren abgelöst.
Auf einigen sehr nährstoffreichen Schlickwattflächen, wie sie z. B. im Naturschutzgebiet Heuckenlock anzutreffen sind, entstanden riesenwüchsige Formen von Schilfrohr, der Sumpfdotterblume und vom Scharbockskraut.
Die Tideelbe ist, einschliesslich der Norder- und Süderelbe bis zu den östlich des Hafens liegenden Eisenbahnbrüken mehrfach zugunsten der Seeschiffahrt vertieft worden. Dazu wurde die Solltiefe bei mittlerem Tiedeniedrigwasser von 3,30 m im Jahr 1859 auf 13,5 m im Jahr 1978 erhöht. Eine weitere Ausbaggerung auf 16 m ist beabsichtigt.
Zum Schutz vor Hochwasser und Sturmfluten deichte man die gesamte Unterelbe bis auf wenige Hochuferbereiche ein.
Im Zusammenhang mit den immer höher auflaufenden Sturmfluten verkürzte man in den letzten Jahrzenten etliche Deichlinien und zog die Deichte dichter an den Fluss heran. Dadurch ging nahezu ein Drittel der tidebeeinflussten Überschwemmungs- und Wattflächen der Vordeichsländereien verloren.
Das führte zu entsprechend grossen Biotopeinbussen für alle tierischen und pflanzlichen Lebensgemeinschaften, die an die amphibische Gezeitenzone oder an saisonal überflutete Uferbereiche gebunden sind. Ausserdem riegeln heute Sturmflutsperrwerke die Mündungen aller Nebenflüsse ab, um Überschwemmungen in deren Niederungen zu unterbinden. In der Folge verschlechterten sich die dortigen Lebensbedingungen für die ästuartypischen Tier- und Pflanzenarten.

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